En la actualidad, el Museo de Historia Natural y Cultura Ambiental de la Ciudad de México se encuentra en un proceso de renovación para brindar un mejor servicio a los miles de visitantes que tiene diariamente.

Cuenta con un área de 7,500 metros cuadrados de exhibición, distribuida en un conjunto arquitectónico que consta de nueve amplias estructuras semiesféricas formando bóvedas de colores, las cuales albergan los diferentes tipos de colecciones según las siguientes áreas temáticas o salas:

• Módulo de 2 bóvedas: Origen del universo, Origen de la Tierra, Origen de la vida
  
• Módulo de 4 bóvedas: Evolución de la vida, Diversidad Biológica y México Megadiverso. 
• Módulo de 3 bóvedas: En remodelación

Además el Museo cuenta también con un vestíbulo y áreas verdes que permiten realizar actividades educativas ambientales y de divulgación científica. 

Plano de conjunto

Entre los ejemplares más emblemáticos del Museo se encuentran el oso polar, que recibe a los visitantes en el vestíbulo, y la réplica del Diplodocus, obsequiada al antiguo Museo de Historia Natural, El Chopo.Estas dos piezas son parte de los 2,775 ejemplares que la institución resguarda. Alrededor de 50% de las piezas están en exhibición y el resto, principalmente la colección de rocas, minerales, herbario y conchas, están resguardadas en bodega.

Cabe destacar que la Colección Nacional de Insectos, conformada actualmente por aproximadamente 55,000 ejemplares, puede ser visitada por grupos o personas interesadas previa reservación en el área de servicios educativos, ya que sólo una pequeña parte se encuentra exhibida al público.