En la década de los sesenta hubo un auge sin precedente en la creación de museos en México (Museo Nacional de Antropología, Museo de Arte Moderno, Museo Nacional del Virreinato, Museo Nacional de las Culturas), relacionado con el ánimo de exaltar los valores nacionales y los patrimonios culturales del país. La inauguración del actual Museo de Historia Natural formó parte de ese contexto.

El 24 de octubre de 1964 el presidente Adolfo López Mateos inauguró el Museo de Historia Natural (MHN) en la Segunda Sección del Bosque de Chapultepec, bajo la administración del entonces Departamento del Distrito Federal. El diseño del inmueble estuvo a cargo del arquitecto Leónides Guadarrama, mientras que el plan museográfico fue elaborado por especialistas de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional dirigidos por el Licenciado en Ciencias Naturales Dionisio Peláez Fernández y por el arquitecto Ernesto Valdés.


En junio de 1999, debido a sus contenidos temáticos, la administración del MHN se transfirió a la Secretaría del Medio Ambiente del Gobierno del Distrito Federal y cambió su nombre al de Museo de Historia Natural (MHN).

Desde el 1 de enero de 2001 forma parte de la Dirección General de Bosques Urbanos y Educación Ambiental, órgano desconcentrado de la citada secretaría.

Origen de las colecciones

Las primeras colecciones naturalistas mexicanas comenzaron a crearse en 1571, con las expediciones científicas ordenadas por Felipe II. Aquellos expedicionarios recolectaron y describieron numerosas especies de animales, insectos y plantas. Este momento marca el inicio de la investigación biológica en América.
Es importante recordar que previo a la Conquista, tanto mayas como mexicas lograron establecer nomenclaturas botánicas y zoológicas descriptivas, así como una aproximación de agrupación sistemática a nivel de categoría taxonómica de familia en ambos reinos. Este y otros conocimientos eran resguardados por los nahuas en los amoxcalli, archivos o bibliotecas donde se resguardaban códices y libros de pinturas.