Las colecciones de historia natural se integraron al nuevo Museo Nacional de Historia Natural, inaugurado el 1 de diciembre de 1913 en el Palacio de Cristal (hoy Museo del Chopo).
En 1929 la Universidad Nacional obtuvo su autonomía y el Museo Nacional de Historia Natural pasó a formar parte de la Universidad Nacional Autónoma de México. Para el inicio de la década de los 40, la colección de historia natural estaba en franca decadencia y abandono, por lo que esta institución —que fuera visita obligada para muchas generaciones de estudiantes— cerró sus puertas en la década de los sesenta.
En l964 cuando se inauguró el Museo de Historia Natural en la Segunda Sección del Bosque de Chapultepec. Algunas colecciones del Chopo se conservaron, no obstante, la mayoría de las colecciones fueron adquiridas ex profeso, como el alce, el elefante asiático y los leones, para ser exhibidos en grandes dioramas que representan a los diferentes tipos de ecosistemas y cuya finalidad era mostrar las interacciones biológicas que existen entre los seres vivos y su ambiente, rompiendo el esquema del museo tradicional y dotándolo de una de las museografías más novedosas y vanguardistas de su época.

Actualmente se conservan algunas de estas colecciones y dioramas, que siguen siendo un atractivo para público de todas edades.