El Distrito Federal cuenta con dos bosques urbanos: el Bosque de Chapultepec y el Bosque de Aragón, y bosques en zonas rurales: corredor biológico Ajusco-Chichinautzin (Zona Sur); el Corredor Contreras-Desierto de los Leones (Zona Poniente); Sierra de Guadalupe-Tepeyac (Norte); Cerro de la Estrella-Sierra de Santa Catarina (Oriente DF) y; Franja Huixquilucan-Miguel Hidalgo (Zona Poniente) como los más importantes. 

Además cuenta con algunas zonas de recarga acuífera como el lago de Xochimilco y el Área de Conservación Ecológica en el Distrito Federal, que es la zona de recarga natural de los mantos acuíferos de donde se extrae el 70% del agua que consume la entidad. Entre las reservas naturales importantes, destacan también la Sierra de Santa Catarina y la Sierra de Guadalupe, las cuales albergaban una de las zonas con mayor flora y fauna del Valle de México.