Desafortunadamente, las actividades humanas como la deforestación y cambios de uso de suelo, la generación de residuos, la industrialización, el cambio climático y la introducción de especies invasoras, como el gato doméstico, la rata negra; la paloma doméstica y el gorrión casero; la carpa común y la tilapia de Mozambique y del Nilo, entre otros, han puesto en riesgo a varias especies de fauna silvestre de la Ciudad.
El tráfico ilegal es otro factor que pone en riesgo a especies silvestres de fauna que habitan en la Ciudad de México, como: perico atolero, cotorra cucha, loro cabeza azul, guacamaya verde, perico pecho sucio, iguana verde, tortuga casquito y la culebra de agua.
Por suerte, hay instancias que trabajan en la conservación de especies animales, como ejemplo de esto está el trabajo que realizan los Zoológicos de la Ciudad de México.